Was nun die Kirche betrifft so haben wir bereits gesehen, dass sie schon 1348 vorhanden war. Bis 1529 befand Barockie aus Mahlis mit Gröppendorf und Wadewitz. Im Jahre 1529 aber bestimmten die Bisitatoren die Grenzen des Naunhof Grimmaschen Amtes als Wirtungsfreies für den Superintendenten zu Grimma. So wurden Dörfer des Grimmaer Amtsbezirks, welche zu Kirchen gehörten, die im Herzogtum Sachsen lagen und noch papistische Pfarrer hatten, aus jenen Kirchen ausgespart; so Poppitz und Gloffen aus Altmügeln, und seitdem gehört Barockie: Mahlis, Gröppendorf, Wadewitz, Gloffen und Poppiz. Der Besitzer von Mahlis war damals Georg d. Hegnitz, der Pfarrer Thomas Reiche, der ein wohlgelehrter und seines Lebenswandels wegen sehr belobter Mann war. Ihm war nach den Bisitationschaften besohlen, Sonn- und Festtag früh das Evangelium nach Anleitung der Bastille. Dr. Luthers, nachmittags sowie Donnerstag, wenn Ernte- und Saatzeit nicht hinderlich sei, den Ratechiasmus mit Fleiß zu predigen. Der Pfarrer hatte sich auch beklagt, dass etliche Gesinde, besonders Mägde, die bald im Herzogtum und im Fürstentum Sachsen dienten, je nachdem, das Abendmahl unter einerlei, oder beiderlei Gestalt zu nehmen pflegen. Die Bisitatoren bestimmten, der Pfarrer solle freundlich ermahnen und, wenn das nicht genüge, ihnen das Abendmahl zu entziehen und sie beim Superintendenten anzuzeigen.

Von einem Kirchenbau ist zuerst 1625 die Rede. In diesem Jahre wurde ein „ hochnotwendiger“ Kirchen- u. Glockenturm ausgeführt, zu dem schon in den beiden vorhergehenden Jahren in mehreren Inspektionen für die damalige Zeit sehr reichliche Beiträge gesammelt worden waren. Die damals gebaute, führ die anwachsende Zahl der Barochianren zu kleine, ungestaltige, durch schlechte Holzbilder verunzierte Kirche war mit der Zeit so wandelbar geworden, dass 1777 eine neue und am 11. Januar 1778 durch Superintendent Jacilides eingeweiht wurde.

Auf beiden Seiten hatte sie zwei Emporkirchen , an die sich in gerader Linie am Altarplatz Betstübchen anschlossen, von denen das eine den Besitzer des Hauses und des Schäfergutes gehörte, und das darunter befindliche als Sakristei dient; das gegenüberstehende obere und untere gehörten dem Rittergute. Zu Seiten des Altars aber befanden sich Erbbegräbnisse der Familien von Zobel und Schönberg auf Gröppendorf.

Der beim Neubau der Kirche stehen gebliebene Glockenturm wurde am 10. Juni 1827 vom Blitze, der auch in der Kirche, besonders an der Orgel, einige Zerstörungen anrichte dergestalt beschädigt, dass er abgetragen werden musste. Der von Grund aus neue ist der jetzige. Der König bewilligte 200 Thaler.

Die 1777 erbaute Kirche ist heute noch die selbe, nur wurde sie 1896 im Inneren vollständig erneuert. Jetzt Besitz sie nur eine Empore, auf der an der Stelle des früheren Bestachen dem Rittergute Gröppendorf separierte Plätze überlassen sind. Selten groß und schön ist der Chorraum. Ihn schmückt ein aus freiwilligen Gaben angeschaffter Kronleuchter. Die neue Orgel stammt aus der alten reformierten Kirche zu Dresden. Sie war von der reformierten Kirche dem Landeskonsistorium überlassen und von diesem der Gemeinde nach vollkommener Reparatur und unter Tragung aller Bestand- und Arbeitskosten, wie sie jetzt da ist, geschenkt worden. Die Kirche ist einfach, aber geschmackvoll renoviert; sie ist freundlich und hell. 1897 erhielt sie auch drei neue Glocken auf eisernem Glockenstuhle, von Jack in Leipzig gegossen. Die große Glocke trägt auf der Ostseite die Innenschrift:

Mein Gott in der Höh` sei Ehr,
auf der Westseite:
Singet dem Herr ein neues Lied.
Die mittlere:
Gott ist mein Heil.
Die kleine, weil sie beim Taufen allein tönt:
Lasset die Kindlein zu mir kommen.

Das Geläute ist in Es-Dur gestimmt. Die Erbbegräbnisse sind beim Neubau zugeschüttet worden, nur in der Sakristei befinden sich noch einige Gedächtnistafeln alter heiliger Prediger. Die Pfarre ist 1724 erbaut und 1867 innerlich restauriert, sowie durch einen Anbau erweitert worden. Dem gegenwärtigen Pfarrer dankt Mahlis ein überaus segensreiche Stiftung in der von ihm im Jahre 1896 gegründeten Kinderbewahranstalt. Die Kindlein stehen unter der Aufsicht einer Schwester aus dem Dresdner Mutterhaufe, die zugleich Krankenpflege in der Gemeinde ausübt. Bis zum 1. Januar 1879 stand Mahlis unter der Superintendentur Grimma, von da ab ist es der Superintendentur Oschatz einverleibt worden.